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Hi Sir
I have also tried these LMF settings on PHY-only mode, F value always being default to '2' after clicking the 'Generate HDL'.
My understanding is that this configuration is not supported, hence it's forced to change to 2.
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This issue has been reported to the IP developer.
The plan is to fix this JESD204B Phy-only wrapper issue in next Quartus software release.
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An update, this is not a bug. In fact F parameter only use in transport layer (MAC layer). When you select Phy-Only mode with Physical Layer only, the F parameter can be ignore not use.

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